Originalité de l'enseignement agricole, l'exploitation agricole de l'EPL regroupe plusieurs activités sur deux sites :
élevage bovin (lait et viande) et élevage porcin, élevage, transformation et
commercialisation hélicicole, travaux forestiers et paysagers à Chateaufarine.
En situation péri-urbaine, obtenant des bons résultats technico-economiques en élevage porcin, bovin et hélicicole, bien utilisée par les élèves, l'exploitation est une entité technico-économique et un outil pédagogique.
Le nouveau projet d'exploitation vise à répondre de façon équilibrée aux trois objectifs de formation, de production, d'expérimentation et de développement à partir d'une analyse précise de la place de l'établissement dans son contexte territorial.

• L'amélioration de la fonction pédagogique de l'exploitation devra confirmer le rôle de la mission éducative de celle-ci. La prise en compte des analyses et observations des enseignants et apprenants a cet égard est importante.

• La modification du système d'élevage de l'atelier bovin devra se faire a partir d'une reconsidération du système d'élevage : système fourrager, élevage des génisses, production de viande. Les bâtiments actuels ne répondent plus aux besoins et doivent évoluer.
• La restructuration de l'atelier porcin est aujourd'hui indispensable. En cohérence avec le projet agricole départemental, la production porcine doit être maintenue dans le respect des nouvelles normes relatives au bien être animal et dans le respect de l'environnement proche. Le bâtiment actuel est obsolète.

• La vente plus importante des produits de l'exploitation en circuit court en s'appuyant sur les potentialités de sa localisation peri-urbaine et sur le point de vente existant à Chateaufarine devrait permettre une meilleure valorisation économique. Cela favorisera ainsi l'ouverture pédagogique à l'activité commerciale dans la formation des élèves, apprentis et stagiaires adultes.

• L'ouverture de l'exploitation au grand public est un objectif accessible qui devrait faire de l'exploitation une vitrine de l'établissement sur le secteur du Grand Besançon et favoriser les relations avec les habitants de ce territoire (Programme SAUGE).